PrimeKG Explorer

Mitä rakensin

Työkalu PrimeKG-aineiston selaamiseen. PrimeKG on Harvardin biolääketieteellinen aineisto, joka yhdistää tauteja, lääkkeitä, geenejä, proteiineja ja biologisia reittejä yli neljän miljoonan solmun ja suhteen verkostoksi. Putki lataa PrimeKG:n Neo4j-graafitietokantaan, tarjoilee sen Next.js:n API-reittien kautta ja piirtää sen interaktiivisena 3D-voimagraafina WebGL:llä react-force-graph-3d-kirjastoa käyttäen.

Hakea voi taudin, lääkkeen tai geenin nimellä, suodattaa entiteettityypin mukaan ja klikata solmuja niiden suhteiden tutkimiseksi. Solmujen värit koodaavat entiteettityypin, ja kaarien paksuus kuvaa suhteen painoa.

Mitä opin

Graafitietokannat ajattelevat eri tavalla kuin relaatiotietokannat. Kysely, joka SQL:ssä vaatisi viisi liitosta, on Cypherissä kahden hypyn läpikäynti. Ajattelutavan muutos — ”etsi kaikki naapurit kahden hypyn päästä tästä solmusta” sen sijaan että ”liitä kolme taulua näillä sarakkeilla” — vei aikaa, mutta on aidosti luontevampi kytkeytyneelle datalle. 3D-WebGL-renderöinti toi mukanaan myös suorituskykyrajoitteita, joita en ollut aiemmin kohdannut: graafi, joka näyttää hyvältä tuhannella solmulla, muuttuu jähmeäksi viidelläkymmenellätuhannella. Ratkaisu oli tarkkuustasosuodatus, jossa yleisnäkymässä näytetään vain runsaskytkentäiset solmut ja tarkkuus kasvaa lähennettäessä.

Kohokohdat

• Selaa PrimeKG:tä — yli 4 miljoonaa biolääketieteellistä solmua ja suhdetta
• Lataa aineiston Neo4j-graafitietokantaan
• Reaaliaikainen 3D-voimagraafi (WebGL)
• Haku ja suodatus taudin, lääkkeen, geenin tai proteiinin mukaan
• Solmujen värikoodaus entiteettityypin mukaan

Teknologiat

• Kieli: TypeScript
• Tietokanta: Neo4j (Cypher)
• Visualisointi: react-force-graph-3d (Three.js)
• Framework: Next.js